Финансирование Программы предполагается за счет следующих источников:
— средства федерального бюджета;
— средства бюджетов субъектов Федерации;
— внебюджетные источники - собственные средства предприятий, заинтересованных в реализации настоящей Программы, заемные средства, средства фондов и другие.

Потребность в финансовых ресурсах на выполнение всей Программы составляет с учетом деноминации рубля 253251,48 млн. рублей, в том числе по этапам реализации Программы:
— первый этап - 67371,62 млн. рублей, или 26,6 % от общей стоимости Программы;
— второй этап - 87148,46 млн. рублей, или 34,41 % от общей стоимости Программы;
— третий этап - 98731,4 млн. рублей, или 38,99 % от общей стоимости Программы.

Такое распределение финансовых средств обусловлено, во - первых, тем, что современная неблагоприятная социально-экономическая ситуация в стране приводит к необходимости минимизировать затраты на реализацию первого этапа Программы. Во - вторых, поскольку основной целью первого этапа определена приостановка процесса неуправляемого спада и стабилизация основных показателей, характеризующих деятельность России в Мировом океане, то эти мероприятия потребуют относительно меньших затрат по сравнению с последующими этапами. На втором этапе поставлены более сложные задачи по созданию и развитию заделов во всех сферах морской деятельности России, позволяющих удовлетворять ее текущие нужды и обеспечивать долгосрочные интересы и потребности. На третьем этапе будет формироваться новая структура деятельности России в Мировом океане. Предполагается, что потребности в финансовых средствах на II и III этапах могут уточняться в зависимости от достигнутых результатов в период реализации начального этапа Программы.

Потребность в капитальных вложениях на Программу в целом составит 226286,5 млн. руб., в том числе на I этапе составит 57149,04 млн. руб., на II этапе - 78892,26 млн. руб., на III этапе - 90245,2 млн. руб.

Стоимость необходимых для реализации Программы научно-исследовательских, опытно-конструкторских работ, научно-прикладных исследований оценивается в 24404,38 млн. руб., в том числе на I этапе - 9026,33 млн. руб., на II этапе - 7398,15 млн. руб., на III этапе - 7979,9 млн. руб. Эти средства предполагается использовать в первую очередь в следующих целях:
— создание наукоемкой инновационной продукции. Особое внимание должно быть обращено на то, чтобы ее номенклатура и состав определялись потребностями рынка, участниками Программы и управляющими органами в соответствии с интересами национальной безопасности, целями текущего и перспективного экономического развития, задачами структурной перестройки промышленного потенциала. Разработка и производство инновационной продукции связаны с большим риском и требуют государственной поддержки, которая может выражаться в привлечении негосударственных инвестиций, поддержке предприятий малого и среднего бизнеса, участвующих в инновационном процессе. Создание наукоемкой продукции под контролем государства и при бюджетном финансировании позволит в перспективе реализовать инновационный потенциал промышленного развития как на государственных производствах так и в сфере частного бизнеса, в том числе и в регионах, сформировать рынок научно-технической сертифицированной продукции, разработанной в рамках Программы, что даст возможность уменьшить потребности в бюджетном финансировании за счет использования дополнительных источников финансовых средств;
— проведение фундаментальных исследований в том объеме, который необходим для решения таких задач, как прогнозирование климата, прогноз чрезвычайных природных явлений и т.д. Своевременное предупреждение природных, экологических, техногенных катастроф может иметь несомненно больший экономический эффект, чем затраты на ликвидацию последствий, восстановление разрушенных территорий и социальную поддержку населения;
— создание системы информации об обстановке в Мировом океане. Следует подчеркнуть, что система имеет государственное значение, ориентирована на использование в системе контроля рыбных запасов и принятия управленческих решений. Поэтому и в интересах национальной безопасности крайне необходимо управление процессами ее создания и функционирования.

Прочие текущие расходы на весь период реализации Программы составляют 2560,6 млн. руб., в том числе на I этапе - 1196,25 млн. руб., на II этапе - 858,05 млн. руб., на III этапе - 506,3 млн. руб.

Объем финансовых средств, необходимых для реализации Программы, из федерального бюджета составляет 10545,83 млн. руб. (или 4,16% от общего объема). Потребность финансирования из федерального бюджета в процессе реализации Программы будет постепенно сокращаться. Так, в 1998-2002 гг. она составит 4396,17 млн. руб., в 2003-2007 гг. - 3393,96 млн. руб., после 2007 г. - 2755,7 млн. руб.

Выделение средств из федерального бюджета для финансирования программных мероприятий осуществляется целевым образом на Программу с их распределением по подпрограммам, исходя из значимости проектов ( в том числе социальной), объемов привлекаемых внебюджетных средств, эффективности инвестиционных проектов.

Распределение средств на финансирование базовых мероприятий осуществляется в рамках выделяемого на Программу лимита с учетом ограниченности бюджетных средств. При этом предусматривается сконцентрировать намечаемые к выделению финансовые ресурсы на реализацию ключевых проектов.

Объем финансирования Программы за счет средств бюджетов субъектов Федерации составит 37279,4 млн. руб., в том числе:
I этап - 6722,6 млн. руб.
II этап - 11361,9 млн. руб.
III этап - 19194,9 млн. руб.

Большая часть этих финансовых средств - 34049,3 млн. руб. (или более 91%) - будет направлено на капитальные вложения.

Основные объемы финансовых средств (более 81%) для реализации мероприятий Программы предполагается получить за счет привлечения собственных ресурсов предприятий, средств отечественных и зарубежных инвесторов, кредитов и других видов внебюджетных источников, а на III этапе - также и за счет реинвестирования прибыли от реализации проектов на начальных этапах.

На период реализации Программы намечается привлечь из вышеупомянутых источников 205426,25 млн. руб., в том числе на I этапе - 56252,85 млн. руб., на II этапе -72392 ,6 млн. руб., на III этапе - 76780,8 млн. руб.

Для обеспечения устойчивого финансирования Программы и эффективного использования поступающих финансовых средств государственным заказчиком-координатором Программы может быть создан соответствующий фонд, формируемый за счет бюджетных и внебюджетных источников.