Главной долгосрочной целью Программы является комплексное решение проблемы изучения, освоения и эффективного использования ресурсов и пространств Мирового океана в интересах экономического развития, обеспечения безопасности страны.

Главная цель Программы подразделяется на ряд основных целей подпрограмм. Подпрограммы представляют собой совокупность научно-технических, правовых, экономических, социальных, экологических и организационных мероприятий, направленных на достижение соответствующих целей и обеспечивающих в комплексе реализацию главной цели Программы. Программа “Мировой океан” должна стать инструментом согласования федеральных, отраслевых и региональных программ по решению отдельных проблем Мирового океана и ориентации этих программ на достижение единых целей политики государства в области повышения эффективности экономики, обеспечения национальных и геополитических интересов страны.

Комплексность проблемы изучения, освоения и использования Мирового океана не позволяет ограничить проводимые мероприятия конкретными временными рамками как в силу масштабности и сложности поставленной задачи, так и вследствие постоянного развития методов ее решения, быстрого изменения геополитической ситуации. Поэтому Концепция Программы предполагает поэтапную (3 этапа) реализации намеченных целей с учетом возможного объема финансирования.

Цели начального этапа выполнения Программы (1998-2002 гг.) сводятся к приостановке процессов неуправляемого спада и стабилизация основных показателей деятельности России в Мировом океане. Их достижение обеспечивается за счет использования потенциала имеющихся научно-исследовательских разработок. Наиболее актуальными задачами первого этапа позволяющими обеспечить достижение целей каждой из подпрограмм, являются следующие:
— принятие мер по международно-правовому обеспечению эффективной деятельности России в Мировом океане;
— разработка нормативно-правовой базы, адекватной требованиям по обеспечению деятельности России и ее хозяйствующих субъектов в Мировом океане;
— принятие мер по скорейшей приостановке процессов разрушения научной инфраструктуры, оттока научных кадров и деградации научно-исследовательского флота в целях восстановления ведущих позиций России в области изучения Мирового океана;
— подготовка материально-технической и научной базы для вовлечения в хозяйственный оборот новых видов минеральных, энергетических и биологических ресурсов Мирового океана;
— технологическое обеспечение изучения, освоения и эффективного использования Мирового океана на базе использования и продвижения технологий, отвечающих существующим и перспективным требованиям по энерго- и ресурсосбережению, экономической эффективности, экологической безопасности, в том числе за счет привлечения в части предоставления технологий, технических средств и материально-технической базы;
— стабилизация положения в морских перевозках, обеспечение их экономической эффективности и экологической безопасности;
— стабилизация положения в области информационного обеспечения морской деятельности на основе интеграции действующих информационных систем;
— сохранение необходимого для обеспечения национальных интересов России в Мировом океане потенциала ВМФ.

Одним из действенных механизмов практической реализации Программы на начальном этапе станет реструктуризация производственных мощностей участвующих в ней бывших оборонных предприятий, привлечение существующих и создание новых малых предприятий, использование техники и оборудования на условиях финансового лизинга, а также использование объектов интеллектуальной собственности.

Цели второго этапа (2003-2007 гг.) заключаются в формировании условий для наращивания заделов в правовой, политической, природоохранной, материально-технической, научной, технологической и иных сферах морской деятельности России, позволяющих удовлетворять ее текущие нужды и обеспечивать долгосрочные интересы и потребности. К основным задачам второго этапа относятся:
— совершенствование морского законодательства и принятие международно-правовых актов, закрепляющих положение России в Мировом океане с учетом планируемых достижений первого этапа;
— обеспечение необходимых масштабов морской деятельности за счет развития и использования технологического потенциала, достижений в области морских наук, информационных технологий, перспективных средств связи и коммуникаций;
— разработка концепции ВМФ XXI века, дальнейшее укрепление обороноспособности России на морских границах;
— переход к промышленному освоению минеральных ресурсов на шельфе России;
— решение проблем оптимизации перевозок;
— освоение арктических территорий на основе принципов экологически безопасного и эффективного природопользования;
— развитие социальной инфраструктуры и обеспечение жизнедеятельности в регионах с экстремальными природными условиями.

На третьем этапе, ( 2008 -2012 гг.), в соответствии со стратегией внутреннего развития страны, ее положением на мировой арене и перспективными потребностями будет формироваться качественно новая структура деятельности России в Мировом океане. Достижение этой цели связано с решением следующих основных задач:
— внесение изменений в морское законодательство с учетом ее политического и экономического положения России;
— дальнейшее развитие и оптимизация морских перевозок;
— полномасштабное освоение минеральных, энергетических и биологических ресурсов и пространств Мирового океана;
— формирование конкурентоспособного морехозяйственного сектора экономики России;
— создание единой информационной системы об обстановке в Мировом океане нового поколения, отвечающей мировому уровню;
— сбалансированное развитие всех составляющих морской мощи государства.

По результатам выполнения работ на предыдущем этапе при необходимости на последующих этапах в Программу будут вноситься корректировки, которые должны способствовать ее успешной реализации. На каждом этапе с учетом ранее достигнутых результатов планируется уточнять очередные задачи Программы и способы их решения.

Программа как инструмент совершенствования общегосударственной системы регулирования и управления морской деятельностью должна способствовать:
— реализации российских интересов в системе международных отношений;
— решению острых социально-экономических проблем страны;
— содействовать переходу страны к устойчивому развитию;
— обеспечению национальной безопасности и поддержанию достойных позиции России как развитой морской державы.