Для организации управления Программой и контроля за ходом ее выполнения требуется создание гибкой структуры, сочетающей стратегическое и тактическое, отраслевое и территориальное управление и обеспечивающей реализацию интересов России в Мировом океане. Такой структурой может стать Межведомственная комиссия Правительства Российской Федерации по реализации Программы.

Государственный заказчик-координатор готовит предложения по составу Межведомственной комиссии из представителей Совета Безопасности России (по согласованию), Правительства Российской Федерации (по согласованию), государственного заказчика-координатора, государственных заказчиков подпрограмм и при необходимости может включать представителей органов власти прибрежных регионов, разрабатывает положение о ней и представляет их на утверждение в Правительство Российской Федерации. Такой подход позволяет согласовать федеральные и региональные, территориальные и ведомственные интересы. Межведомственная комиссия рассматривает ход и проблемы реализации как Программы в целом, так и ее подпрограмм. Организационно-техническое и информационно-аналитическое обеспечение Межведомственной комиссии осуществляет федеральный орган исполнительной власти - государственный заказчик-координатор Программы. Для осуществления оперативного и текущего управления на основе принятых решений Межведомственной комиссией, подготовки рекомендаций по экономическому, организационному и правовому механизмам реализации Программы, а также выполнения иных видов деятельности возможно создание государственного учреждения (некоммерческой организации) по координации усилий заинтересованных сторон в реализации ФЦП "Мировой океан".

При Межведомственной комиссии по реализации Программы создается научно-координационный совет, возглавляемый председателем и включающий ведущих ученых, представителей научно-технических обществ, специалистов министерств и ведомств. Состав совета утверждается государственным заказчиком-координатором Программы.

В функции совета входит:
— выявление организационных, технических и научных проблем решение, которых необходимо для реализации проектов подпрограммы;
— подготовка предложений по согласованию федеральных и местных интересов, интересов министерств и ведомств при реализации отдельных мероприятий подпрограмм;
— проведение экспертизы проектов, представляемых на конкурс, и представление рекомендаций Программы Межведомственной комиссии по их реализации;
— оценка обоснованности запросов на финансовое и материально-техническое обеспечение реализации проектов;
— осуществление контроля за ходом выполнения проектов, подготовка предложений о продолжении или прекращении финансирования работ по проектам.

Состав и функции учреждения утверждаются государственным заказчиком-координатором Программы.

Управление реализацией подпрограмм, контроль за ходом их выполнения и эффективное использование выделяемых средств возлагается на государственных заказчиков с учетом специфики соответствующих подпрограмм и источников финансирования.

Отбор исполнителей работ государственные заказчики осуществляют на основе проведения конкурсов (тендеров), торгов или аукционов с целью наиболее выгодного размещения заказов на поставку продукции для федеральных государственных нужд по каждому программному мероприятию.

Для гарантированного финансирования отдельных объектов и проектов подпрограмм за счет внебюджетных средств или средств местных бюджетов и бюджетов субъектов Российской Федерации государственные заказчики могут подписывать договоры (соглашения) о намерениях с соответствующими предприятиями (фирмами) и организациями или территориальными органами власти. В дальнейшем с ними могут заключаться контракты (договоры), подтверждающие или уточняющие объемы финансирования из внебюджетных источников или бюджета субъектов Российской Федерации и местных бюджетов. До подписания контрактов с исполнителями работ государственные заказчики подпрограмм осуществляют их технико-экономическую проработку.

При сокращении объемов бюджетного финансирования подпрограмм, государственные заказчики подпрограмм подготавливают дополнительные меры по привлечению внебюджетных средств для выполнения работ по мероприятиям подпрограмм.

При необходимости, государственные заказчики вносят предложения в Минэкономики России, Минфин России, Миннауки России об уточнении сроков и промежуточных этапов реализации подпрограмм.

Государственные заказчики подпрограмм:
— координируют и организуют действия всех исполнителей на решение целей и задач подпрограмм, оказывают им методическую и консультационную поддержку;
— разрабатывают механизмы мобилизации финансовых, кредитных, материальных и других видов ресурсов на решение поставленных задач;
— участвуют финансовыми средствами, выделенными целевым назначением государственным заказчикам для реализации мероприятий (работ, услуг), предусмотренных подпрограммами;
— осуществляют разработку финансового плана по аккумуляции и целевому распределению выделяемых средств на объекты и проекты подпрограммы;
— составляют перечень первоочередных объектов и проектов, подлежащих финансированию в соответствии с целями и задачами подпрограммы;
— организуют подготовку необходимой документации для исполнителей программных мероприятий, включая план-программу работ;
— организуют проведение конкурсов (тендеров), торгов или аукционов на размещение заказов на поставку продукции или выполнение работ;
— осуществляют постоянный информационно-аналитический мониторинг по всем аспектам реализации подпрограмм;
— определяют требования государственных стандартов и особых условий выполнения работ.

Важная роль в реализации мероприятий Программы отводится государственному заказчику-координатору - Министерству экономики Российской Федерации. В его функции входит:
— координация деятельности государственных заказчиков подпрограмм;
— координация и контроль за исполнением работ по реализации Программы;
— организация реализации и финансирование средствами, выделенными целевым назначением государственному заказчику-координатору, мероприятий Программы носящих межведомственный характер и затрагивающих интересы большинства государственных заказчиков Программы;
— внесение в установленном порядке предложений по уточнению программных мероприятий с учетом складывающейся социально-экономической ситуации и хода реализации Программы;
— контроль за целевым использованием средств;
— исключение дублирования при формировании и реализации мероприятий подпрограмм в целях сокращения расходов на выполнение работ.

Государственный заказчик-координатор Программы - Минэкономики России ежегодно докладывает Правительству Российской Федерации о ходе работ по реализации Программы.