Система мероприятий Программы включает совокупность взаимоувязанных научно-исследовательских (фундаментальных и прикладных) и опытно-конструкторских разработок, а также мероприятия социально-экономического, производственного, организационно-хозяйственного, военно-стратегического и международно-правового характера.

Формирование мероприятий Программы и их реализация строятся по принципу трехуровневой сквозной системы, в рамках которой итерактивным способом обеспечивается преемственность и целенаправленное развитие работ по соответствующим видам морской деятельности для решения актуальных общегосударственных экономических, геополитических, социальных и иных проблем.

На первом уровне исполнителями, отбираемыми головными заказчиками на конкурсной основе, осуществляются конкретные проекты (мероприятия) по приоритетным направлениям деятельности в Мировом океане.

На втором уровне в рамках выполнения комплекса проектов (мероприятий) каждой из 10 подпрограмм обеспечивается получение конечных результатов по каждому из направлений работ, представленных в подпрограммах.

На третьем уровне в соответствии с общегосударственными приоритетами и в рамках реализации взаимоувязанных целей подпрограмм обеспечивается получение конечных результатов Программы в целом, т.е реализация главной цели Программы.

Применение программно-целевого подхода позволяет рационально использовать результаты научных исследований, перспективные инновационные разработки, средства обеспечения ( информационные и технологические) в целях эффективного выполнения подпрограмм.

Полный перечень мероприятий и их характеристики представлены в соответствующих разделах каждой из десяти подпрограмм. При формировании мероприятий подпрограмм учтены реализуемые и планируемые работы в рамках ранее принятых федеральных целевых программ по различным направлениям деятельности государства в Мировом океане, общие требования по укрупнению федеральных целевых программ и приданию им межотраслевого, комплексного характера, а также необходимость единого управления по конкретным направлениям деятельности в Мировом океане.

Мероприятия (проекты), включенные в подпрограммы, имеют непосредственное отношение к проблемам изучения и освоения Мирового океана, направлены на минимизацию ущерба в результате свертывания морской деятельности России в Мировом океане и носят межотраслевой (межведомственный) характер. При этом мероприятия, имеющие научную направленность, в максимальной степени ориентированы на получение практических результатов прикладного (технологического) характера. Особое внимание уделено взаимоувязке проектов обеспечивающего характера ( информационное и технологическое обеспечение морской деятельности, мониторинг Мирового океана, нормативно-правовая база функционирования морехозяйственного комплекса), что позволяет сократить затраты общесистемного характера.

При отборе проектов их приоритетность определялась в первую очередь наличием соответствующих направлений работ в Концепции Программы.

Система программных мероприятий сформирована по целевому принципу в соответствии с формулировкой главной долгосрочной цели Программы - комплексное решение проблемы изучения, освоения и эффективного использования Мирового океана в интересах экономического развития, обеспечения безопасности страны и ее детализацией в рамках программных мероприятий подпрограмм, разработанных государственными заказчиками Программы.

Необходимость комплексного решения поставленных проблем определяет состав подпрограмм и их ориентацию на реализацию составляющих общей цели Программы, в качестве которых можно выделить три укрупненных целевых блока:
1) изучение Мирового океана;
2) освоение и эффективное использование ресурсов и пространств Мирового океана;
3) обеспечение национальных интересов и безопасности страны (военно-стратегические интересы и международно-правовые аспекты).

Роль каждой из подпрограмм в реализации указанных целевых блоков иллюстрирует таблица.

Непосредственное отношение к производственно-хозяйственной деятельности в реальном секторе национальной экономики имеют подпрограммы: “ Минеральные ресурсы Мирового океана, Арктики и Антарктики”, “Использование биологических ресурсов Мирового океана”, “Транспортные коммуникации России в Мировом океане”.

Объектно-ориентированные подпрограммы - ”Изучение и исследование Антарктики” и ”Освоение и использование Арктики” - имеют комплексный характер с преобладанием исследовательских задач в первой подпрограмме и производственных - во второй.

Подпрограмма “Исследование природы мирового океана” является общесистемной подпрограммой, формирующей научную базу осуществления различных видов деятельности в Мировом океане.

Подпрограммы “Военно-стратегические интересы России в Мировом океане” и “Международно-правовые вопросы и их политический аспект” ориентированы на обеспечение морской деятельности России в Мировом океане необходимыми и достаточными механизмами военного и международно-правового характера.

Остальные подпрограммы направлены на создание соответствующих обеспечивающих средств для достижения целей Программы.

Мероприятия обеспечивающего характера реализуются и в рамках ряда подпрограмм, связанных с совершенствованием национальной (внутригосударственной) нормативно-правовой базы осуществления соответствующих видов морской деятельности.

Система программных мероприятий сформирована с учетом приоритетности направлений работ в соответствии с определенным и в Концепции этапами реализации Программы.

На первом этапе безусловный приоритет отдан проектам, реализующим “политику сокращения ущерба” в результате свертывания морской деятельности России в Мировом океане при одновременном глубоком, тщательном и всестороннем анализе состояния дел, имеющихся возможностей, и оценке текущих и перспективных потребностей.

Фактически требования к результативности первого этапа Программы сводятся к исключению вероятности дальнейшего обострения существующих проблемных ситуаций в каждом из видов морской деятельности, что может привести к необратимым последствиями.

Включение в Программу взаимосвязанных подпрограмм обусловлено многоплановостью и высокой степенью сложности решения проблем изучения, освоения, использования ресурсов и пространств Мирового океана, а также необходимостью рациональной организации государственного регулирования морской деятельности, включающей политические, правовые, экономические и социальные аспекты. Эти подпрограммы разработаны и согласованы в соответствии с Порядком, определенным постановлением Правительства Российской Федерации от 26 июня 1995 г. № 594 “О реализации Федерального закона “О поставках продукции для федеральных государственных нужд”.